1、遗传因素：很多病人从童年开始即有肠道易激综合征，并常有家族史，说明与遗传因素有关。
　　2、精神因素：本病症状发作与加重均与情绪紧张有关，焦虑、激动、抑郁、恐惧等因素刺激机体，影响植物神经功能，而引起结肠运动功能和分泌功能失调。
　　3、胃肠反射：肠道易激综合征病人饭后的胃肠反射较正常人增强，表现为肠壁肌张力增高，蠕动增强。
　　4、饮食因素：有些病人可因乳糖酶缺乏发生乳糖类消化不良，很多病人可因进食冷饮或刺激性食物发作。
　　5、结肠分泌和吸收功能障碍：肠道易激综合征便秘患者可能与粪渣在结肠内运行过缓有关。
　　6、肠道菌群失调：正常人肠道以厌氧菌为主，食物种类可影响正常人肠道菌群中厌氧菌与需氧菌的比例，如麦类食物可使厌氧菌减少，需氧菌增加。此外，肠道病人运用抗生素不当，也可引起菌群失调继发本病。
　　7、药物：泻药常可引起腹泻和便秘交替出现。其他药物也可引起结肠高度过敏。若饮用大量的咖啡，可因咖啡的大量摄入而发生结肠过敏，有些药物可加重过敏结肠的症状，如毛地黄、奎尼丁、心得安及某些抗高血压药物如肼苯哒嗪和利血平等。
　　8、肠道动力学改变：研究表明肠道易激综合征患者有结肠动力学改变，且还有小肠和食管动力学改变。
　　9、其他：人体内分泌的影响，胃肠激素的变化、微量元素（镉含量过高，锌含量相对过低）的改变、气候变化，以及肠道寄生虫病和肠道感染后遗症等，改变结肠的反应性，可诱发和加重病情。
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